Windows 操作系统的文件系统压缩性能要远落后于专门的文件压缩软件如 Winzip，微软资深程序员、《Old New Thing》作者 Raymond Chen 对此解释说，文件系统的压缩算法必须是系统独立，也就是不能根据你运行的机器改变压缩算法。所以在考虑性能指标和确保在一个系统压缩的文件能被任何系统读取的要求下，微软选择了一个比较弱的压缩算法。

Raymond Chen 称，影响压缩算法选择的一个限制因素是 Alpha AXp 处理器， Alpha AXp 的位操作指令比较弱，在不拖慢系统的情况下他们选择的压缩流编码最小单元是半字节。他说，Windows 已经停止支持 Alpha AXp，在理论上微软可以选择压缩比更高的算法了，但如今我们生活在一个可以用 120 美元从新蛋上购买到 5TB 容量硬盘的时代，而很多文件格式已压缩了，所以文件系统压缩无需再提高，我们生活在一个后文件系统压缩的世界。